容器育苗的施肥，通常是將含有一定比例氮、磷、鉀養分的混合肥料，按1∶200的濃度配成水溶液，通過灌水系統進行噴施或灌根。后期根據苗木各個生長期的不同要求，不斷調整養分的比例和施用量，以達到最佳效果。

灌根一般在傍晚進行，溫度過高時不宜進行。施用農家肥必須充分漚熟，既殺死肥中的病菌和有害蟲卵，也避免燒苗。根外追肥一般一周1～2次，以清晨進行為好。根外追肥與根施相比，用量少，效率高，一般植物葉片8小時后可吸收60%的葉面肥。對某些微量元素，土壤施入往往無效，因此，可多采用根外追肥的方式，并將兩種追肥方式配合進行。無論哪種方式，都應先淡后濃，一旦發現施肥過量，要盡快灌水沖淡。

生物肥料對某些苗木的生長作用明顯，如松樹。不過，松樹用容器育苗時，菌根菌較難傳播，應進行人工接種，將有菌根菌的土壤鋪蓋在容器土壤表面。一般菌根土應取自同種松樹根系的周圍。接種時間應選在松樹種子發芽后一個月左右，如過早放入，幼苗側根未形成，菌根菌沒有寄主，往往失效。但豆料植物，如金合歡、合歡、紫荊、紫藤等，大都有可以固氮的根瘤菌，而磷肥在很大程度上可以促進根瘤菌的發展。因此這類苗木對磷肥的要求較高，對氮肥要求較低。