一、苗木出圃前應嚴格核對，尤其在品種多時，還要掛明標簽，以免品種混雜。

二、在起苗或刨苗前，應先對苗圃地澆一次透水，以利苗木充分吸水和便于起苗，且盡量少傷根系，確保根系完整。起苗后要根據苗木標準，進行分級，按50至100株綁成一捆待栽或待運。

三、嚴格檢疫。目前蘋果苗檢疫對象主要有美國白蛾和蘋果綿蚜，如有發現應就地消毀。

四、遠距離運輸苗木，必須進行包濕包裝并掛上標簽，標明品種砧木、等級，數量、日期和產地等，必要時還應對所運苗木，進行消毒處理。消毒劑有石硫合劑，即用波美3度的石硫合劑溶液浸苗15至20分鐘，再用清水沖洗即可。