苗木從土壤中吸收的水分主要來源于雨水、地下水及灌溉水。在北方干旱地區主要依靠灌水補充土壤中的水分。但如果雨水過多或排水不暢，也會影響苗木的呼吸，嚴重的會導致爛根甚至死亡。

一、灌溉量和灌溉次數
1.不同栽培方式的灌溉
(1)播種苗播種后要盡量避免表土干燥，特別是在北方地區，一些小粒種子播種后覆土較淺，易受春旱的危害。通過合理灌溉使床面保持濕潤，防止小苗失水，還可調節地表溫度，防止日灼。一般要求灌水次數多，每次灌水量要少。
(2)扦插、壓條、埋條苗這些苗的生根、發芽都需要較大水量，特別是在剛開始展葉而尚未完全生根(即假活期)階段，葉面蒸騰量較大，土壤水分供應量較少，一旦斷水就將造成植株死亡，及時灌水是關鍵。在北方，氣候干燥季節更應注意。灌水量可適當大些，但水流要細、緩，以免水流沖力移動苗木(特別是扦插苗)。
(3)分株苗、移植苗這些苗由于在栽植時根系受傷，苗木內部的水分供應出現不平衡，必須加強供水。在分株和移植后應連續灌水三四次，灌水量要大些，間隔時間也不能太長。
(4)嫁接苗嫁接苗對水分的需求不是太大，只要能保證砧木的正常生命活動即可。水不能太多，尤其是接口部位不能積水，否則會使傷口腐爛。干旱天氣必須灌水時也要注意。
(5)大苗除非在干旱季節才需灌水。如果水分過多，還會使苗木抗性降低，影響生長發育。
2.不同氣候條件下的灌溉
灌溉必須根據氣候條件的變化靈活掌握。一般來說，春季到初夏，苗木處于旺盛生長期，南方雨水多，只要灌溉三四次即可?北方是干旱期，要灌七八次。播種苗、扦插苗則需要灌溉次數更多。
初夏，南方是陰雨季節，要注意排水。夏季北方常逢雨季，可不灌水。南方則不同，如果高溫又干旱，必須增加灌水次數。秋季，雖然南北方雨量不同，但為了讓苗木組織充實和木質化，準備越冬，一般不灌水。冬季，南方不灌水，北方則要在土地冰凍前灌一次凍水，以利于苗木越冬。
3.不同土壤條件的灌溉
黏重土壤保水力強，灌水量應適當減少;砂壤保水力差，灌水量應適當增加。
4.不同樹種的灌溉
不同樹種對水的要求各不相同，幼苗期差別并不太大，一般都需要有足夠的水分。隨著苗齡的增長，差別越來越明顯。對于一些耐旱樹種，如臭椿、刺槐、丁香等更應注意，水多時要立即排水。對于一般樹種則要經常保持濕潤狀態，結合地下水位和降雨情況，確定適宜的灌水量。

二、灌溉方法
1.地面灌溉
高床和壟式作業區，可由灌溉渠把水引入步道或壟溝里，水從側面滲入床內或壟中。其優點是灌溉后土壤仍具有良好的通氣性，可以減少松土的次數，也比較省工，但耗水量太大，苗床寬的會產生灌水不均的現象。
低床或大田式育苗區，可由灌溉渠把水直接引入低床或畦面，水布滿床面或畦面而逐漸深入土壤之中，這是漫灌。此法灌水時比較方便，但應注意水流速度要慢，以免沖倒或淹沒苗木。灌溉后土壤易板結，通氣不良，要增加松土次數?比較費工。
2.噴灌和滴灌
噴灌一般適用于大苗灌溉，滴灌適用于苗床灌溉，都是比較先進的灌溉方式。
三、排水
降雨或大量灌溉后應及時排除地面積水，苗圃地不應有積水，否則會降低土壤有機質的分解速度，破壞苗木根系的正常呼吸，常引起根系腐爛甚至死亡。