1.芽枯 病癥狀是花芽長到一兩厘米時顏色轉為淡綠色，同時花梗縮短，隨后脫落。花芽干縮整個生長期都會發生，芽轉為白色后干枯，脫落或縮存。芽枯病是由于根系發育受損，植株又得不到充足的光照，芽內雄蕊產生乙烯引起芽敗育，或者上溫過低，遇到高溫使植株頂端水分不足造成芽枯。東方百合雜種系受害較嚴重。
　　防法方法：科學的栽培管理確保根系良好發育；改善光照條件，增補光照。
　　2.花裂 在麝香百合切花生產中常有發現，特別在棚內溫度變化大、干濕懸殊時，患病植株表現為花瓣分離開裂。花蕾形成后要特別注意棚內溫度和濕度的調控，保持較穩定的狀態，可以減少或克服花裂現象。
　　3.霜害 露地栽培或冬季棚室栽培時，由于管理不善，莖葉遭受輕霜或低溫危害，產生葉片虛腫和因生長點死亡而使植株停止生長的現象。因此，寒冷地區栽培百合時要注意防止秋冬早霜和春季晚霜。大棚栽培時，冬季要注意覆蓋保溫層，防止百合幼芽受凍。
　　4.落蕾 落蕾又稱盲花，是由于生長環境條件不好、光照不足引起的花蕾發育不良而干縮脫落現象。亞洲百合雜種系對落蕾最敏感，麝香百合雜種系次之，東方百合雜種系最不敏感。
　　防治方法：除改善水肥環境條件外，補充光照也是較有效的方法。不要將亞洲百合雜種系種植在光照條件差的環境下，冬季必須保證充足的光照。從第一個花蕾發育開始，每天從夜晚8時至早晨4時，補光8小時，連續補光5周，對防止百合落蕾、提早開花和提高品質等都有明顯效果。