東北地區氣溫極低，常出現極端低溫-20℃以下的情況，冬季苗圃的主要管理工作是防寒，尤其是小苗和外來樹種。
　　冬灌 其中珍貴樹種、新栽苗木、小苗是冬灌的重點。在高寒地區樹木澆封凍水后，基部還應培土，草坪和矮灌木需用稻草或草簾覆蓋，這對越冬防寒、抗生理干旱、春季返青極為有利。
　　清園 清除圃內枯枝、落葉及雜草（積肥或燒毀），不但利于冬季防火，而且可以清除病蟲寄居地。
　　防寒 防寒對象是新引進的苗木及本地的邊緣樹種。如紫杉，松柏類小苗，它們在天然的林下環境越冬良好，但在苗圃露天育苗必須防寒。銀杏、美國紅葉槭、日本櫻花等外來苗木不防寒就會凍死。
苗圃內的苗木主要使用覆蓋法，如紫杉、松柏、外地引種苗和當年扦插越冬苗，用土、沙、雪、草簾、樹葉、稻草覆蓋。第二年春季去掉覆蓋物；綠化矮苗如繡線菊、金葉蕕、紫葉矮櫻、金葉紅瑞木等用土、沙和積雪全覆蓋或半覆蓋，第二年春季撤覆蓋物時，土、沙、別撤干凈，留一部分更利于植物生長；對于大苗，只能在樹木基部埋雪和培土，特別是埋雪既有利于越冬又可抵御春旱。
　　修剪整形 有的大苗需截干、疏枝等（如銀中楊樹冠易過大、枝過密，風大易倒伏）。結合樹木修剪清除枝干上的蟲卵。剪去過密枝、病蟲枝、枯弱枝、徒長枝，可減少病蟲害，促進生長發育，要求剪口不劈裂，直徑兩厘米以上需抹鉛油。